Praktek-praktek ilegal dan penyalahgunaan penggunaan BTP lah yang perlu dikhawatirkan. Menurut Prof. Nuri Andarwulan, dosen IPB dan peneliti di SEAFAST (South East Asia Food and Agricutural Science and Technology), kasus-kasus seputar penyimpangan BTP yang masih sering ditemukan antara lain:

• Penggunaan BTP yang melebihi batas maksimum yang dianjurkan (misal: siklamat sebagai pemanis es mambo atau pada sirop)

• BTP pada pangan yang tidak diizinkan. Tiap jenis BTP yang diizinkan sudah dilengkapi dengan jenis pangan yang tepat dan sesuai peruntukannya.

• Penggunaan BTP yang dilarang. Ada daftar BTP yang dilarang dalam Permenkes 033/2012.

• Penggunaan bahan kimia berbahaya sebagai BTP, misal: Rhodamin B, Methanyl Yellow, Borax, dan Formalin.